Integrationsstellen-Analyse viraler Vektoren durch ‚Target Enrichment Sequencing‘ (TES)

Mit der Entwicklung von Hochdurchsatz-Sequenziertechnologien haben sich neue vielversprechende Möglichkeiten ergeben, um Vektorintegrationen qualitativ und quantitativ besser bestimmen zu können. In Anlehnung an Krebsgenom-Studien, bei denen "all exon" Sequenzierungen durchgeführt werden, reichern wir die Vektorsequenzen vor der Sequenzierung partiell oder komplett an.

Die "Target Enrichment Sequencing" (TES) Analyse liefert somit nicht nur Angaben zur Klonalität (Integrationsstellen), sondern auch Informationen zum quantitativen Beitrag der individuellen Zellklone (Integrationen) und zur Vektorgenom-Stabilität. Durch die zusätzliche Anreicherung subgenomischer zellulärer Regionen parallel zur Anreicherung von Vektorsequenzen lässt sich die Anzahl der Vektorkopien (VCN) pro analysierter Probe bestimmen (vergleichbar einer separaten qPCR).